Flotilla propose deux modes de jeu distincts et imbriqués, alors que vous essayez de devancer vos adversaires en apportant la prospérité à la nouvelle maison de l’humanité. Le choix de si ou quand passer d’un explorateur « Sinkside » à un colon « Skyside » définit l’expérience de base de Flotilla. Ils représentent deux expériences de jeu similaires mais distinctes, utilisant les mêmes composants de jeu, étroitement liés entre tous les joueurs.